Микроорганизмите са изключително малки организми, които са повсеместни, показват невероятна адаптивност и могат да оцелеят и да се развият в различни среди.
В почвената среда микроорганизмите играят жизненоважна роля. Почвата е среда за естествена култура за микроорганизми, богата на хранителни ресурси като хумус и минерали. Различни микроорганизми като бактерии, гъби и актиномицети си сътрудничат и се конкурират помежду си в почвата. Бактериите могат да разграждат органичната материя и да освободят хранителни вещества, които могат да бъдат абсорбирани от растенията; Гъбичките могат да разграждат по -сложни растителни остатъци и допълнително да подобрят структурата на почвата.
Водните тела също са важни местообитания за микроорганизмите. В океана има голям брой микроорганизми и те участват в глобалния материален цикъл и енергийния поток. Някои бактерии могат да оцелеят в морска среда с висока соленост и да се адаптират към високо осмотично налягане чрез специални физиологични механизми. В сладка вода микроорганизмите също са богати и разнообразни, а някои микроорганизми могат да извършват фотосинтеза, за да осигурят кислород за други организми във водата.
Микроорганизмите присъстват и в екстремни среди като висока температура, висока киселинност и висока алкалност. Термофилните микроорганизми могат да растат на места като горещи извори с висока температура. Техните протеини и нуклеинови киселини имат специални структури, които могат да останат активни при високи температури. Ацидофилните и алкалифилните микроорганизми доминират съответно в кисела минерална вода и алкална физиологична наземна среда.
В допълнение, микроорганизмите могат да се прикрепят към растителните повърхности, за да образуват биофилми, а те също могат да бъдат намерени вътре и външни растения и животни. Те съжителстват или паразитизират с домакина, като се отразяват на здравето и оцеляването на домакина. Високата адаптивност на микроорганизмите към околната среда ни предоставя неограничени възможности за справяне с екологичните проблеми и развитието на биологични ресурси.